Σε πολλές περιοχές της Ελλάδας έχουν εντοπιστεί απολιθώματα σπονδυλωτών και ασπόνδυλων ζώων, καθώς και φυτών, που έζησαν κατά τον Καινοζωικό Αιώνα. Όσον αφορά τα σπονδυλωτά, η πλειονότητα των απολιθωμάτων αποτελείται από θηλαστικά, με τα πτηνά και τα ερπετά να είναι πιο σπάνια. Ένα από τα πιο παλιά, χρονολογικά, χερσαία θηλαστικά έχει βρεθεί στην Ορεστιάδα και ανήκει στα ανθρακοθήρια, με ηλικία 28-23 εκ. χρόνια (Άνω Ολιγόκαινο). Οι σημαντικότερες θέσεις με απολιθώματα της Ελλάδας, αρχίζουν από το Κατώτερο Μειόκαινο (23-15,9 εκ. xρόνια) έως το Ανώτερο Πλειστόκαινο (130.000-11.700 χρόνια).