Τα απολιθώματα που απαρτίζουν τις συλλογές των μουσείων προέρχονται από παλαιοντολογικές ανασκαφές.
Στις ανασκαφές συναντούμε διάφορες κατηγορίες οργανισμών, όπως σπονδυλωτά, ασπόνδυλα ή φυτά, από πληθώρα αρχαίων περιβαλλόντων, όπως η ξηρά, η θάλασσα ή οι λίμνες.
Κατά τη διάρκεια μιας ανασκαφής, είναι σημαντικό να γνωρίζουμε ότι τα απολιθώματα είναι πολλές φορές εύθραυστα και για το λόγο αυτό πρέπει να γίνονται προσεκτικές κινήσεις!